Les eaux de la rade de Brest sont sous surveillance et méritent une attention particulière parce que le milieu naturel est presque fermé. Les résulats des contrôles semblent démontrer que le chemin à parcourir pour une rade non polluée est encore long... L'étude présentée en 2018 ne présage pas de ce que sera la qualité des eaux dans la rade de Brest ultérieurement.
L’activité mytilicole de la rade de Brest est altérée d'une part par la qualité de l’eau en fond de rade dont des rejets de plomb provenant de la rivière du Faou récupérant ces excès des mines argentifères abandonnées des Monts d'Arrée et d'autre part par les daurades royales se nourrissant les exploitations de coquillages malgré les protections d'effarouchement mise en place par Ifremer – programme Predador : ondes sonores. L'élevage des moules (mytiliculture) devient de plus en plus difficile, la filière est en grande difficulté en 2021 après des fermetures d'entreprises. Une culture sur bouchot (piquet) enveloppé d'un sac protecteur contre les attaques des daurades diminue la rentabilité. Les daurades attaquent aussi les jeunes huîtres et les pétoncles.
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L'environnement dans tous ses états
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